Năm 619, Dạng Đế bị sát hại ở Giang Đô (江都, nay thuộc Dương Châu, Giang Tô), Mộ Dung Thuận từng cùng với Dạng Đế ở Giang Đô, khi này quay trở về kinh đô Trường An của Tùy, mà Trường An khi đó do một tướng nổi loạn chống lại Dạng Đế là Lý Uyên chiếm giữ. Lý Uyên đăng cơ và lập ra nhà Đường, tức Đường Cao Tổ, song vẫn phải tiếp tục chiến đấu để đánh bại các thủ lĩnh nổi dậy khác. Cao Tổ điều đình với Mộ Dung Phục Doãn- nay đã khôi phục lại các vùng đất của Thổ Dục Hồn, để tấn công một trong các kình địch là Lương Đế Lý Quỹ (李軌). Mộ Dung Phục Doãn chấp thuận, và yêu cầu phóng thích Mộ Dung Thuận. Cao Tổ chấp thuận, khởi binh đánh Lý Quỹ, và Mộ Dung Thuận có thể trở về Thổ Dục Hồn.[6] (Tuy nhiên, vào thời điểm này, Mộ Dung Phục Doãn đã lập một người con trai khác làm thái tử, và sử sách tường thuật rằng Mộ Dung Thuận sau đó đã phiền muộn).

Bắt đầu từ năm 622, có lẽ do nghe theo kiến nghị của Thiên Trụ vương- một vị quân sư, Mộ Dung Phục Doãn bắt đầu tiến đánh các vùng đất của Đường giáp với Thổ Dục Hồn một cách thường xuyên, với vài cuộc tấn công mỗi năm. Các cuộc tấn công tiếp tục trong suốt thời gian trị vì còn lại của Cao Tổ.[7][8][9]